Setelah dilakukan pengamatan makroskopis dan mikroskopis, kemudian dilanjutkan dengan pengujian adanya infeksi virus (MBV, TSV, IHHNV, WSSV, IMNV) yang menggunakan metode PCR. Jumlah sampel yang diperlukan untuk pengujian sebanyak 150 ekor dari setiap bak (populasi setiap bak >10.000). Apabila terdeteksi infeksi salah satu jenis virus, maka udang pada bak pemeliharaan tersebut dimusnahkan meskipun hasil pengamatan makroskopis dan mikroskopis cukup baik. Stress test dapat juga dilaksanakan dengan menempatkan benih udang pada kondisi ekstrim (air tawar atau formalin 100 ppm selama 30 menit) untuk melihat ketahanannya. Benur yang lolos dari serangkaian pemeriksaan tersebut diatas, dapat digunakan untuk kegiatan pentokolan dan atau pembesaran.